Les résultats d’un test d’ADN qui changent avec le temps

Que la recherche au niveau de l’ADN et d’une plus grande proportion d’échantillon puissent donner plus de précision sur l’origine des ancêtres d’une personne, je suis bien d’accord, cependant, je trouve que les résultats avant et après la mise à jour sur ces deux cas, la mère et le fils sont étranges. Le père de la mère était amérindien, mais cela ne serait pas inscrit dans son ADN alors que son fils, il est indiqué qu’il a une faible partie amérindienne.
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Les résultats d’un test d’ADN qui changent avec le temps

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Nancy Desjardins

Très populaires sur le web, les tests ADN offerts par de nombreuses entreprises suscitent beaucoup de questions chez certains clients, rapporte La facture.

Beaucoup se plaignent que leurs origines changent radicalement lors des mises à jour effectuées par les compagnies.

Certaines régions dont ils étaient originaires ont complètement disparu.

Chez les Lacasse-Charbonneau, la recherche de leurs ancêtres a toujours suscité un intérêt. Ils ont donc acheté un test ADN vendu par l’entreprise Ancestry DNA.

J’étais curieux de savoir à quel point j’étais Français. Pascal Charbonneau-Lacasse

Le grand-père de Pascal Charbonneau-Lacasse

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Sa mère, Sophiane Charbonneau, est convaincue pour sa part que ses ancêtres sont d’origine autochtone.

C’est clair que mon grand-père est autochtone. Sophiane Charbonneau

Ils ont tous les deux fait parvenir un échantillon de salive à l’entreprise.

C’est à partir des molécules d’ADN contenues dans la salive qu’Ancestry DNA identifie l’origine de vos ancêtres.

Lors de la réception des résultats, elle apprend que ses ancêtres sont davantage d’ascendance ouest-européenne qu’autochtone.

L’information fournie dans un premier temps par Ancestry DNA à Sophiane Charbonneau

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Par contre, son fils Pascal possède des ancêtres issus des Premières Nations.

Je m’explique mal pourquoi j’ai des origines autochtones alors que ma mère et mon père n’en ont pas! Pascal Charbonneau-Lacasse

L’information fournie dans un premier temps par Ancestry DNA à Pascal Charbonneau-Lacasse

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Cinq mois après la réception de leurs résultats, une autre surprise attendait la famille.

Lors d’une mise à jour effectuée par l’entreprise, certaines origines ont complètement changé.

Sophiane Charbonneau n’est plus du tout originaire de l’Europe du Sud, de la péninsule Ibérique, de la Finlande, et de la Russie du Nord-Ouest.

De plus, l’Europe de l’Ouest a fait place à la France à 86 %.

L’information fournie dans un second temps par Ancestry DNA à Sophiane Charbonneau

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Quant à son fils Pascal, même constat. Cinq régions ont complètement disparu et l’Europe de l’Ouest est devenue la France.

Je ne comprends pas que ça change comme ça. Je n’y crois plus. Sophiane Charbonneau

L’information fournie dans un second temps par Ancestry DNA à Pascal Charbonneau-Lacasse

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Selon Simon Gravel, professeur au Département de génétique de l’Université McGill, la démarche d’Ancestry DNA est sérieuse et la réponse se trouve au niveau du groupe de référence où l’on compare l’ADN.

L’entreprise le compare avec les molécules d’ADN qu’elle a dans son ordinateur. Souvent, lors des mises à jour, le groupe de référence a changé, donc, forcément, les résultats aussi. Simon Gravel

Ancestry DNA est consciente que les mises à jour suscitent l’incrédulité de certains consommateurs.

Informée du cas des Lacasse-Charbonneau, l’entreprise affirme que ce n’est pas l’ADN qui change, mais le degré de précision des résultats qui s’améliore.

Ce qui a changé, c’est ce que nous savons de l’ADN, la quantité de données à notre disposition et notre manière de l’analyser, fait valoir l’entreprise. Nos clients reçoivent des estimations d’ethnicité mises à jour à mesure que notre panel de référence s’élargit et que l’algorithme s’améliore, ce qui permet de déterminer les ventilations ethniques avec un degré de précision supérieur.

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L’ADN ne détermine pas la santé des individus, selon une étude

La génétique nous informe de beaucoup de choses, mais il faut tenir compte aussi de l’environnement, de notre mode de vie, notre exposition à certains produits chimiques et bien d’autres facteurs peuvent avoir une grande influence sur notre santé. Ce qui voudrait dire que les maladies ne peuvent pas tous être prédit par notre génétique.
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L’ADN ne détermine pas la santé des individus, selon une étude

Une nouvelle étude montre que l’ADN ne serait pas aussi utile qu’on peut le penser pour déterminer les risques d’être atteint par certaines maladies.

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Laureen Laboret

Une étude de l’Université de l’Alberta, publiée dans la revue PLOS One, démontre qu’il y a de 5 à 10 % de chances de voir des liens entre le patrimoine génétique d’un individu et les maladies dont il pourrait souffrir.

Le D^r David Wishart, qui est professeur dans les facultés de sciences biologiques et de sciences informatiques, a cosigné cette étude. En se basant sur les résultats de son équipe de recherche, il affirme que, dans la plupart des cas, les gènes d’un individu interviennent dans une proportion inférieure à 5 % dans les risques de souffrir d’une maladie en particulier, notamment beaucoup de types de cancers, de formes de diabète ainsi que la maladie d’Alzheimer.

Ces résultats entrent en contradiction avec la croyance généralisée, y compris dans le domaine médical, que le fait de se soumettre à un test génétique permet d’identifier, de façon précise, les risques d’être atteint de l’une de ces maladies.

L’ADN ne détermine pas le destin et la mutation génétique commune est sans valeur pour prédire l’apparition de maladies. D^r David Wishart, coauteur de l’étude

Cette étude est exceptionnelle, puisqu’elle est la plus grande méta-analyse jamais réalisée. Elle est basée sur les données recueillies au cours de deux décennies de recherches sur le lien possible entre les mutations génétiques les plus répandues, dites SNP (Single Nucleotide Polymorphism) et différentes maladies.

Lier les maladies à d’autres facteurs

Cette étude met aussi l’accent sur des exceptions notables telles que la maladie de Crohn, la maladie coeliaque et la dégénérescence maculaire (maladie de la rétine). Les risques d’être atteint de ces maladies sont liés au facteur génétique à hauteur de 40 à 50 %.

Selon le D^r Wishart, malgré ces exceptions, l’étude souligne l’importance d’avoir en tête d’autres facteurs de risques.

Il est de plus en plus clair que les risques d’avoir de nombreuses maladies sont plutôt liés au métabolisme des individus, à leur environnement, à leur mode de vie ou à leur exposition à divers types de nutriments, de substances chimiques, de bactéries ou de virus, explique-t-il.

Le D^r Wishart et ses collègues affirment qu’étudier les métabolites (déchets organiques issus des matières vivantes), les produits chimiques, les protéines et le microbiome (ensemble des micro-organismes) permettrait, au contraire des gènes, d’avoir une vue d’ensemble des risques de développer certaines maladies de façon beaucoup plus exacte.

Cette étude jette plus que jamais une lumière crue sur la nécessité de comprendre l’environnement ainsi que celle de maîtriser la qualité des aliments, de l’eau et de l’air.

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Sans la médecine, notre longévité « naturelle » serait de… 38 ans

Les scientifiques ont trouvé une nouvelle méthode pour savoir la longévité d’un animal vertébré. Il semblerait que beaucoup d’animaux ont vu leur espérance de vie augmenter. Pour l’homme, étrangement, nous n’avons pas vraiment évolué en rapport à la longévité des hommes de Neandertal et Denisovan. Nous avons gagné que quelques mois avec notre 38 ans, Bien sûr, si on regarde la moyenne d’âge des gens, on voit bien que nous pouvons vivre plus vieux, mais ce n’est pas grâce à notre génétique, mais plutôt à la médecine, condition de vie etc ..
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Sans la médecine, notre longévité « naturelle » serait de… 38 ans

Céline Deluzarche

Journaliste

Des chercheurs ont mis au point une nouvelle méthode pour estimer la durée de vie d’une espèce vivante ou disparue à partir de son ADN. Le record appartient ainsi à la baleine boréale dont la longévité atteint 268 ans. Celle de l’Homme n’a, en revanche, pratiquement pas progressé depuis Neandertal. Heureusement, la génétique ne fait pas tout !

Les animaux ayant la plus grande longévité sont la praire d’Islande, un mollusque bivalve dont un spécimen de 507 ans a été retrouvé, et chez les vertébrés le requin du Groenland, avec un individu de 400 ans. Mais estimer la durée de vie d’une espèce est particulièrement compliqué. On se base souvent sur des cas exceptionnels qui ne sont pas représentatifs, et l’on observe des différences considérables au sein d’espèces même relativement proches. Alors qu’une souris vit en moyenne 4 ans, l’écureuil gris, un autre rongeur, vit 24 ans, soit huit fois plus longtemps.

Une horloge biologique cachée dans l’ADN

Une équipe du CSIRO (Commonwealth Scientific and Industrial Research Organisation) a établi une nouvelle méthode pour calculer l’âge maximal théorique de plusieurs animaux. Détaillée dans la revue Scientific Reports, elle se base sur la méthylation de l’ADN, une sorte d’horloge biologique.

« Lorsqu’on vieillit, nous subissons un déclin de nos fonctions biologiques », explique Benjamin Mayne, biologiste au CSIRO et principal auteur de l’étude.

Ce déclin est visible dans la densité d’îlots CpG, des zones de l’ADN non codantes qui sont des promoteurs de la méthylation de l’ADN. Ce processus épigénétique entraîne l’apparition de groupes méthyles dans certains gènes, ce qui conduit à des mutations délétères et la sénescence des cellules.

« Nous avons constaté que nous pouvions estimer la longévité des espèces en nous intéressant aux endroits où la méthylation de l’ADN se produisait sur 42 gènes particuliers », explique Benjamin Mayne dans un article de The Conversation.

La baleine boréale détient le record du monde de longévité animale parmi les vertébrés, avec 268 ans de durée de vie. © Benjamin Mayne, CSIRO

Les chercheurs ont ainsi calculé l’âge biologique de 252 espèces de vertébrés à partir de leur génome. Bonne nouvelle : avec cette méthode, la plupart des espèces voient leur durée de vie fortement augmenter. La baleine boréale détient le record mondial de la longévité, avec 268 ans, soit 57 de plus que le plus ancien spécimen connu, âgé de 211 ans. La tortue géante de Galápagos, dont le dernier spécimen est mort en 2012 à l’âge de 112 ans, aurait une longévité biologique de 120 ans. L’étude s’est aussi intéressée à des espèces disparues. Le mammouth laineux aurait ainsi eu une durée de vie de 60 ans, à peine moins que les 65 ans de l’éléphant africain actuel. Le pigeon migrateur, éteint en 1914, avait une longévité de 28 ans, soit la même que l’actuelle tourterelle des bois.

L’homme moderne, l’exception qui confirme la règle

Mais le plus étonnant, c’est le cas de l’humain. Les chercheurs ont ainsi établi que les Hommes de Neandertal et de Denisovan avaient une durée de vie biologique de 37,8 ans, soit quasiment la même que celle de l’Homme moderne qui est de 38 ans. Cette longévité paraît ridiculement courte : l’espérance de vie en France est de 85,4 ans pour les femmes et de 79,5 ans pour les hommes, et elle a plus que doublé au cours des 200 dernières années.

« Mais il s’agit d’une exception liée au progrès de la médecine et des modes de vie », rétorque Benjamin Mayne.

En d’autres termes, l’Homme a réussi à « forcer » l’horloge biologique de son génome par son intelligence et son adaptation. Songer que l’espèce humaine a une durée de vie inférieure à celle du chimpanzé (39,7 ans) a tout de même de quoi faire réfléchir.

« Connaître la durée de vie d’une espèce est essentiel pour estimer le risque d’extinction, ou pour établir des quotas de pêche ou de prélèvement », explique Benjamin Mayne.

La méthode est cependant applicable seulement aux vertébrés. On ne saura donc pas si la praire d’Islande de 507 ans est un cas à part ou pas.

CE QU’IL FAUT RETENIR

• Une nouvelle méthode pour estimer la durée de vie des espèces a permis d’établir un nouveau palmarès de la longévité animale.
  

• Elle se base sur la méthylation de l’ADN, un indicateur de l’horloge biologique.
  

• La durée de vie de l’Homme moderne est ainsi estimée à 38 ans, soit à peine au-dessus que nos ancêtres de Neandertal.

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Un chewing-gum raconte l’histoire de celle qui l’a mâchouillé il y a 5.700 ans

À partir d’écorce de bouleau chauffée, on peut faire de la gomme à mâcher, qui peut servir aussi pour coller des objets ou encore soigner un mal de dent. La gomme à mâcher qui nous intéresse, a été mâché il y a plus de 5 milles ans, et elle a garder après tout ce temps un génome humain au complet qui était ce cas-ci une femme. Ils savent ce qu’elle a mangé, et les scientifiques ont même pu distingués des agents pathogènes.
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Un chewing-gum raconte l’histoire de celle qui l’a mâchouillé il y a 5.700 ans

Nathalie Mayer
Journaliste

Lorsque vous mâchouillez un chewing-gum, vous y laissez un peu de votre salive. Et c’est aujourd’hui un « chewing-gum » vieux de 5.700 ans que des chercheurs ont analysé. Leurs travaux révèlent non seulement les origines de sa mâchouilleuse, mais aussi la couleur de ses yeux, les germes que sa bouche hébergeait et la composition de ses repas.

Il a été découvert lors de fouilles archéologiques effectuées par le Museum Lolland-Falster à Syltholm dans le sud du Danemark. Un « chewing-gum » qui a depuis été étudié par des chercheurs de l’Université de Copenhague (Danemark). 

« Syltholm est vraiment un site unique. Presque tout est scellé dans la boue, du coup, la préservation des restes organiques est phénoménale », explique dans un communiqué un coauteur de l’étude, Theis Jensen, chercheur à l’université de Copenhague.

Un génome humain ancien et complet récupéré : une première !

« Pour la première fois, un génome humain ancien et complet a été récupéré sur autre chose que des os ou des dents », explique à l’AFP Hannes Schroeder, également de l’Université de Copenhague. Cette « source très précieuse d’ADN ancien », en particulier pour les périodes où les restes humains se font rares, n’est autre qu’une pâte, noirâtre, obtenue à partir d’écorce de bouleau chauffée, « plus courante qu’on ne le pense, car elle se conserve assez bien ».

Son atout : avoir, à la préhistoire, été couramment mâchée. En attestent des empreintes de dents souvent retrouvées sur le brai de bouleau.

Le brai de boulot retrouvé Syltholm dans le sud du Danemark. © Theis Jensen, Université de Copenhague

En étudiant l’ADN humain que le brai de bouleau contenait, les chercheurs ont pu établir que la personne qui l’avait mâché était une femme, probablement aux yeux bleus et dont la peau et les cheveux étaient foncés. Selon l’étude, la machouilleuse était génétiquement plus proche des chasseurs-cueilleurs d’Europe continentale que de ceux de Scandinavie centrale.

Des agents pathogènes, des noisettes et du canard

Par contre, les chercheurs avouent ne pas savoir exactement pourquoi, il y a 5.700 ans, cette femme a malaxé la pâte entre ses dents. Si parfois elle servait de colle — la mâcher permettait de la rendre malléable avant utilisation –, la pâte a aussi pu être utilisée pour soulager le mal de dents — car elle possède des vertus antiseptiques –, servir de brosse à dents, de coupe-faim ou simplement de chewing-gum.

Une reconstruction artistique du portrait de la femme qui a mâchouillé, il y a 5.700 ans, un « chewing-gum » découvert au Danemark. Les chercheurs l’ont surnommée Lola. © Tom Björklund, Université de Copenhague

Les chercheurs en ont également extrait de l’ADN de microbes oraux et de plusieurs agents pathogènes humains.

Principalement des espèces sans danger, « mais aussi certaines qui sont potentiellement très pathogènes comme le Streptococcus pneumoniae qui est la principale cause de pneumonie. Nous avons également récupéré l’ADN du virus Epstein-Barr responsable de la mononucléose infectieuse ».

« Cela peut nous aider à comprendre comment les agents pathogènes ont évolué et se sont propagés au fil du temps et ce qui les rend particulièrement virulents dans un environnement donné », explique Hannes Schroeder. La « gomme à mâcher » contenait également de l’ADN d’espèces végétales et animales comme celle de la noisette ou du canard laissant supposer qu’ils avaient été mangés peu de temps avant le mâchouillage.

CE QU’IL FAUT RETENIR

• Des chercheurs ont analysé une pâte noirâtre vieille de 5.700 ans, sorte de « chewing-gum » obtenu à partir d’écorce de bouleau chauffée.
  

• Ils en ont tiré de précieuses informations relatives à la femme qui l’a mâchouillé.
  

• Et à son mode de vie.

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Le seul perroquet natif des Etats-Unis aurait disparu à cause de l’homme

Aux États-Unis, vivait jusqu’au début du XXe siècle la conure de Caroline, le seul perroquet présent en Amérique du Nord. Chose que j’ai maintenant comprise comme l’ADN pouvait donner des informations sur le temps qu’une espèce a disparu : la consanguinité. Cependant pour notre oiseau en question, sa disparition fut brutale et comme de raison, c’est l’homme qui est coupable. Ils ont commencé à le chassé, le rechercher pour faire de beaux chapeaux à plumes, par des collectionneurs bref, comme d’habitude l’espèce a payer le prix cher.
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Le seul perroquet natif des Etats-Unis aurait disparu à cause de l’homme

Un spécimen naturalisé de conure de Caroline ou Conuropsis carolinensis;© Marc Durà

Par Emeline Férard

Des chercheurs ont étudié le génome du conure de Caroline, une espèce de perroquet originaire des Etats-Unis dont les derniers spécimens connus se sont éteints au début du XXe siècle. Leurs résultats suggèrent que les activités humaines seraient la principale cause de leur disparition.

D’immenses nuées de centaines de perroquets multicolores virevoltant dans les airs comme un tourbillon. Il fut un temps, ce spectacle était observation courante aux Etats-Unis. Jusqu’à ce que les oiseaux en question ne se fassent de plus en plus rares jusqu’à disparaître de la surface de notre planète. Une extinction d’autant plus dramatique que l’espèce était unique en son genre.

Reconnaissable à son plumage vert, sa tête jaune et sa face orange. la conure de Caroline ou conure à tête jaune (Conuropsis carolinensis) était en effet le seul perroquet originaire et vivant en Amérique du Nord. Son habitat s’étendait de la Nouvelle-Angleterre au nord jusqu’à la Floride au sud et le Colorado à l’ouest où il évoluait dans les plaines boisées à proximité de points d’eau.

Les estimations restent imprécises quant à la taille de sa population passée. Les calculs évoquent entre des centaines de milliers et quelques millions de conures aux Etats-Unis. Dès le milieu du XIXe siècle, cette population avait toutefois drastiquement chuté. Le dernier spécimen sauvage connu aurait disparu en 1904 en Floride. Le dernier spécimen captif est mort lui en février 1918 au zoo de Cincinnati.

Les conures de Caroline étaient autrefois des oiseaux communs dans une grande partie des Etats-Unis. – John James Audubon

Cette triste histoire a fait de la conure de Caroline un oiseau iconique en Amérique du Nord. Toutefois, de nombreuses interrogations demeurent, notamment sur l’extinction de l’espèce. Fragmentation de son habitat, chasse, catastrophes naturelles, maladies ou encore compétition avec d’autres espèces, plusieurs théories sont avancées pour expliquer le phénomène.

Aujourd’hui, une étude publiée dans la revue Current Biology semble lever le voile sur le mystère. Elle indique que les humains seraient les principaux responsables de la disparition de C. carolinensis qui se serait produite de façon rapide. C’est du moins ce que suggère l’ADN de l’espèce.

Reconstituer un ADN disparu

Pour la première fois, une équipe internationale de chercheurs s’est en effet attelé à reconstruire le génome complet du perroquet. Ils ont utilisé pour cela un os de tibia et des morceaux de pied d’un spécimen naturalisé préservé dans une collection privée espagnole et dont la capture remonterait au début du XXe siècle. L’ADN s’est toutefois révélé trop fragmenté pour être suffisant.

Afin de pouvoir poursuivre leurs travaux, les scientifiques ont ainsi dû séquencer le génome d’un proche parent de l’espèce, la Conure soleil (Aratinga solstitialis) originaire d’Amérique du Sud.

« C’est un cas classique dans [l’étude] d’ADN ancien », a expliqué Carles Lalueza Fox, biologiste de l’université espagnole Pompeu Fabra et co-auteur de l’étude au National Geographic.

« Vous avez [souvent] besoin du génome d’un proche parent en guise de référence pour cartographier l’ancien [génome] », a-t-il poursuivi, citant l’exemple de l’utilisation d’ADN d’éléphant asiatique pour étudier celui du mammouth.

En comparant les génomes des conures avec d’autres, les chercheurs ont constaté que les deux avaient divergé il y a quelque trois millions d’années.

Déclin brutal

Une fois reconstitué, l’ADN de C. carolinensis a livré de précieuses informations, en particulier sur la population de l’espèce avant sa disparition. Par le passé, les scientifiques ont en effet observé que lorsque des espèces menacées déclinaient sur une longue période, ceci se manifestait dans leur génome par des signes clairement identifiables tels que la consanguinité.

Si la conure soleil classée en danger d’extinction a bel et bien montré de tels signes, cela n’a pas été le cas de la conure à tête jaune.

Selon les auteurs de l’étude, la population de cette dernière n’aurait donc pas connu de lent déclin mais plutôt « un brusque processus d’extinction qui n’a laissé aucune trace dans son génome », a commenté Carles Lalueza Fox.

Les analyses de l’ADN de l’oiseau n’ont pas non plus révélé de traces de l’une des maladies incriminées dans sa disparition. Bien que l’étude ne porte que sur un seul spécimen, ceci suggère qu’elle n’aurait pas représenté une cause majeure de déclin. Autant de résultats qui semblent pointer du doigt un coupable en particulier : l’homme.

Chassé jusqu’à l’extinction ?

« La disparition soudaine de la conure de Caroline semble être directement imputable aux pressions humaines », écrivent les auteurs dans leur rapport.

Une conclusion qui ne surprend pas tant ces pressions étaient importantes. Les perroquets formaient en effet des nuées spectaculaires mais aussi bruyantes et invasives qui n’hésitaient pas à aller piller les cultures pour se nourrir.

A l’époque, de nombreux fermiers considéraient ainsi les oiseaux comme nuisibles et n’hésitaient pas à les abattre en prévention ou en répression des dégâts causés à leurs champs. Les conures ayant tendance à se rassembler autour de leurs congénères morts ou mourants, ceci pouvait conduire à un massacre à grand échelle.

La mode des chapeaux à plumes et des oiseaux captifs auraient également constitué des arguments majeurs pour la capture de spécimens sauvages, affectant encore davantage la population.

« L’extinction finale de l’oiseau a probablement été accélérée par les collectionneurs et les trappeurs quand il est devenu évident que celui-ci était devenu extrêmement rare », ajoutent Carles Lalueza Fox et ses collègues.

De plus en plus rares, les conures étaient devenus des oiseaux prisés des collectionneurs au début du XXe siècle. – Paul Bartsch

Si l’étude semble apporter un nouvel éclairage sur l’histoire du perroquet, celle-ci est loin d’être complète. D’autres recherches pré-publiées sur BioRxiv laissent ainsi penser qu’ils auraient pu exister deux sous-espèces de conure et que l’une d’elles aurait survécu jusque dans les années 1940. Quelques décennies de répit pour l’oiseau coloré disparu depuis. Pour toujours ? Peut-être pas.

Le C. carolinensis figure en effet parmi les candidats à la dé-extinction, un ambitieux projet porté par certains chercheurs qui pensent pouvoir un jour être capables de ressusciter des espèces éteintes. On en est encore loin et l’étude menée sur le génome du perroquet indique qu’une telle entreprise impliquera « de grosse difficultés« , a estimé Carles Lalueza Fox dans un communiqué.

Pour les espèces encore en vie, en revanche, ces travaux pourraient s’avérer utiles dans la prévention de futures extinctions et la mise en place d’efforts de conservation.

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La baleine boréale, mammifère à la plus grande longévité, pourrait vivre jusqu’à 268 ans

La plus vieille baleine boréale connu a 211 ans, cependant, les scientifiques pensent avoir trouvé le moyen de connaitre la durée de vie d’un animal, même d’un être humain grâce à l’ADN. Donc la baleine pourrait vivre en principe environ 268 ans. En plus de prédire la longévité des animaux d’aujourd’hui, ils peuvent aussi découvrir la longévité des animaux du passé.
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La baleine boréale, mammifère à la plus grande longévité, pourrait vivre jusqu’à 268 ans

La baleine boréale est connue pour vivre plus de 200 ans.© Yuri Smityuk\TASS via Getty Images

Par Emeline Férard

Des chercheurs affirment avoir découvert un moyen de déterminer la durée de vie d’une espèce à partir de son ADN. Avec cette méthode, ils ont calculé que la baleine boréale qui détient le record de longévité chez les mammifères pourrait vivre bien plus longtemps qu’on ne pensait.

Quel animal décroche le titre de la plus grande longévité au monde ? La question est moins aisée qu’il n’y parait et pour cause. Pour y répondre, il faut non seulement dénicher des spécimens à l’âge record mais aussi être capable de déterminer ce dernier avec précision. Pas facile quand la durée de vie des animaux en question atteint quelques centaines d’années…

Aujourd’hui, des chercheurs australiens pensent avoir trouvé une nouvelle méthode pour déterminer la longévité des espèces. Le secret ? L’ADN. Selon leur étude publiée dans la revue Scientific Reports, cette nouvelle technique leur a permis de calculer l’âge maximal de plusieurs animaux. Et de découvrir que certains atteindraient une limite bien plus élevée qu’estimée jusqu’ici.

Parmi eux, la baleine boréale (Balaena mysticetus). Ce cétacé qui évolue dans les eaux arctiques et sub-arctiques détient le record du mammifère à la plus grande longévité. Jusqu’ici, l’âge du plus vieux spécimen connu était estimé à 211 ans. En étudiant son génome, les scientifiques sont toutefois arrivés à une longévité bien supérieure, 268 ans.

L’ADN, miroir de la longévité

L’âge qu’une espèce est capable d’atteindre n’est pas le fruit du hasard. Il est étroitement lié au déclin des fonctions biologiques qui est lui-même dicté en grande partie par notre génome. De précédentes recherches ont ainsi montré que la longévité était influencée par certains gènes mais aussi par certaines modifications intervenant au niveau de notre ADN.

Ces phénomènes ont pour effet de changer l’expression des gènes concernés et, par là-même, de jouer un rôle crucial dans l’âge et le vieillissement d’un organisme. C’est ainsi avec l’une de ces modifications appelées méthylation de l’ADN que les scientifiques du CSIRO (Commonwealth Scientific and Industrial Research Organisation) ont travaillé.

Ils ont étudié les génomes de 252 vertébrés et ont comparé ces données à une base répertoriant des longévités animales connues.

« En utilisant ceci, nous avons constaté que nous pouvions estimer la longévité des espèces en nous intéressant aux endroits où la méthylation de l’ADN se produisait sur 42 gènes particuliers », explique sur le site The Conversation, Benjamin Maine, biologiste qui a dirigé les recherches.

268 ans pour une baleine, 120 ans pour une tortue

En affinant leurs observations, les scientifiques seraient ainsi parvenus à mettre au point une méthode permettant de calculer la durée de vie d’une espèce à partir de son ADN et de sa méthylation.

« Jusqu’ici, il était difficile d’estimer l’âge maximal de la plupart des animaux sauvages, en particulier des espèces de mammifères marins et des poissons qui vivent longtemps », poursuit le spécialiste dans un communiqué.

Désormais, « si le génome d’une espèce est connu, nous pouvons estimer sa longévité« , se réjouit-il.

C’est à l’aide de cette technique qu’ils ont abouti à un âge maximal 57 ans supérieur pour la baleine boréale. De la même façon, ils ont calculé la durée de vie des tortues de l’île Pinta aux Galapagos à 120 ans. Soit un peu plus que le célèbre spécimen Lonesome George décédé à 112 ans en 2012.

Les chercheurs n’ont toutefois pas travaillé que sur des espèces actuellement en vie. Ils ont également déterminé que le mammouth laineux et le pigeon voyageur, tous deux éteints aujourd’hui, pouvaient sans doute vivre jusqu’à 60 et 28 ans respectivement. Enfin, l’équipe s’est intéressée à notre propre espèce et à certains membres éteints des Hominidés, l’homme de Denisova et Néandertal.

D’après les estimations, les trois ont montré une longévité similaire : 38 ans pour notre espèce et 37,8 pour les deux autres. Bien que cette proximité puisse surprendre, elle rejoint de précédentes recherches anthropologiques menées sur ces ancêtres. A titre de comparaison, l’un de nos plus propres parents, le chimpanzé afficherait lui un âge maximal de 39,7 ans.

« La durée de vie maximale des humains est un sujet controversé », reconnaissent les chercheurs dans leur rapport.

Si l’espérance de vie moyenne de notre espèce a plus que doublé au cours des 200 dernières années – elle est de 79 ans aujourd’hui -, ce serait ainsi essentiellement grâce aux progrès de la médecine et à nos changements de mode de vie.

Bien que la méthode présente certaines limites, relèvent les auteurs, elle pourrait ouvrir de nombreuses pistes pour étudier le phénomène du vieillissement. De même que pour en apprendre plus sur la biologie des espèces actuelles et éteintes ou mettre en place des mesures écologiques ou de conservation.

A ce jour, c’est le requin du Groenland qui détient le record de la plus grande longévité chez les vertébrés, avec des spécimens estimés à près de 400 ans.

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Après une greffe de moelle osseuse, son sperme ne contient que l’ADN du donneur

On a vu au moins deux cas de chimère dans la série télévisée : Les Experts. Sur ce cas, précisément, une personne a reçu de dons pour lutter contre la leucémie, il s’est retrouvé avec deux ADN dans son corps, on croit que l’ADN du donneur dans le sperme est dû à la vasectomie du receveur.
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Après une greffe de moelle osseuse, son sperme ne contient que l’ADN du donneur

Chris Long possède deux séries d’ADN dans son corps. | Luis Quintero via Unsplash

Repéré par Robin Tutenges

Repéré sur The New York Times

Le test ADN de cet Américain atteint de leucémie indique qu’il est plus jeune, Allemand, et qu’il vit à plus de 8.000 kilomètres.

Chris Long n’est plus, vive Chris Long! Quatre ans après sa greffe de moelle osseuse, cet habitant de la ville de Reno, dans le Nevada aux États-Unis, a fait une découverte surprenante. Son ADN a été remplacé par celui de son donneur dans des parties inattendues du corps.S’il est courant de retrouver de l’ADN d’un donneur ou d’une donneuse dans le sang de la personne receveuse, le cas de Mr Long est particulièrement rare. L’ADN de son sperme a été entièrement remplacé par celui de son donneur allemand, qu’il n’a jamais rencontré et avec lequel il n’a échangé qu’une poignée de messages. D’autres parties de son corps sont également touchées. Plusieurs prélèvements sur ses lèvres, sa langue et ses joues contenaient son propre ADN, mais aussi celui de son donneur. Seuls ses cheveux et sa poitrine n’ont pas été affectés.

«C’est assez incroyable que je puisse disparaître et que quelqu’un d’autre puisse apparaître», a déclaré l’homme qui était atteint d’une leucémie.

Chris Long est littéralement devenu une chimère, une personne avec deux séries d’ADN.

De quels gènes hériteront ses futurs enfants? Chris Long s’étant fait vasectomiser après la naissance de son deuxième enfant, l’étude de son cas ne fournira aucune réponse.

Trois expert·es en greffe de moelle osseuse interrogé·es par le New York Times estiment que les cellules sanguines d’un donneur ne devraient pas pouvoir créer de nouvelles cellules de sperme, ni transmettre de gènes. Dans le cas de Chris Long, c’est sa vasectomie qui expliquerait la présence de l’ADN de son donneur, selon le Dr Mehrdad Abedi, de l’université de Californie à Davis.

Un crime, deux ADN

À l’instar de cet Américain, des dizaines de milliers de personnes reçoivent chaque année des greffes de moelle osseuse en raison d’une maladie du sang. Dans l’hypothèse où l’une d’entre elles commettrait un crime, quel impact la présence de ces deux ADN pourrait-elle avoir dans une affaire judiciaire? Pour répondre à cette question, Chris Long a accepté de servir de cobaye au laboratoire de la criminalité du shérif du comté de Washoe.

Au moment de ses recherches, le laboratoire est tombé sur plusieurs cas de chimérisme ayant perturbé des enquêtes criminelles. L’un d’entre eux remonte à 2004 où, en Alaska, le profil ADN extrait d’une scène de crime correspondait à celui d’un homme en prison au moment des faits. Il avait reçu une greffe de moelle osseuse et c’est finalement le donneur, son frère, qui a été condamné. Dans une autre affaire, une victime d’agression sexuelle avait vu son témoignage remis en cause à maintes reprises par la police, qui avait identifié deux ADN, alors qu’elle assurait que l’agresseur avait agi seul. Finalement, la police avait déterminé que le deuxième profil provenait du donneur de moelle osseuse de l’agresseur.

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Les bébés chinois géné­tique­ment modi­fiés pour­raient avoir des muta­tions indé­si­rables

Vous rappelez du scientifique qui avait annoncé qu’il a pu modifier l’ADN de jumeaux dont on ne sait pas ce qu’ils sont devenu ? Il semble qu’en fait, il aurait échoué sur la mutation dont il s’était fixé d’exécuter, mais la nouvelle édition génétique pourrait avoir des conséquences graves, car ils ne savent pas les effets de l’outil CRISPR.
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Les bébés chinois géné­tique­ment modi­fiés pour­raient avoir des muta­tions indé­si­rables

Crédits : Ernesto del Aguila III/NIH

par  Servan Le Janne

En 2018, les jumeaux Lulu et Nana sont nés avec un ADN modi­fié. Grâce à l’ou­til d’édi­tion géné­tique CRISPR, le scien­ti­fique chinois He Jian­kui espé­rait les immu­ni­ser contre le sida. Mais cette pratique contro­ver­sée pour­rait avoir échoué et entraîné des muta­tions indé­si­rées.

C’est la conclu­sion dres­sée par des cher­cheurs qui ont eu accès aux résul­tats dans les colonnes de la MIT Tech­no­logy Review le 3 décembre 2019.

Pour parve­nir à ses fins, He Jian­kui a ciblé une muta­tion géné­tique qui immu­nise certaines personnes contre le VIH, sur un gène baptisé CCR5.

Or, pointe aujourd’­hui le spécia­liste du génome Fyodor Urnov, « l’af­fir­ma­tion selon laquelle [les jumeaux] ont hérité de la variante de CCR5 trahit les faits de façon flagrante et peut être résu­mée en un mot : mensonge. »

Selon lui, les résul­tats de l’étude montrent que le gène n’a pas pu être trans­mis conve­na­ble­ment à Lulu et Nana.

En échouant à leur donner la muta­tion « delta 32 » sur CCR5, l’équipe du profes­seur Jian­kui a procédé à une édition géné­tique dont on ignore les consé­quences, car CRISPR est un outil dont les effets sont encore mécon­nus. En alté­rant l’ADN, il peut change le code du vivant de façon incon­trô­lable. Selon Urnov, ils pour­raient avoir déve­loppé des muta­tions indé­si­rables.

He Jian­kui a été vu pour la dernière fois au balcon de son appar­te­ment de Shen­zen, en janvier 2019, après avoir été renvoyé par son univer­sité. Les auto­ri­tés ont déclaré désap­prou­ver son acte. Et on ignore ce que sont deve­nus Lulu et Nana.

Source : MIT Tech­no­logy Review

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Identifier un suspect avec 1 cm de cheveu et sans ADN, c’est possible !

Dans les affaires criminelles, on a souvent recours à l’ADN pour résoudre un crime. Même si l’ADN est une technique renommée, elle n’est pas infaillible à cause des possibilités de contamination dans le processus. Mais une nouvelle technique serait assez prometteuse avec un seul centimètre de cheveu même s’il est impossible d’y retirer de l’ADN.
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Identifier un suspect avec 1 cm de cheveu et sans ADN, c’est possible !

Céline Deluzarche
Journaliste

Cela pourrait fournir de nouveaux scénarios exaltants aux Experts : une nouvelle méthode d’identification permet désormais de confondre un coupable avec un simple cheveu sans aucun ADN et avec un très haut niveau de fiabilité.

En matière de police scientifique, l’ADN fait aujourd’hui figure de preuve reine. Cette méthode n’est pourtant pas infaillible, l’ADN pouvant être lui-même contaminé par simple contact ou faire l’objet d’une présence fortuite. Surtout, on ne dispose pas toujours de suffisamment d’ADN pour établir une probabilité suffisante de correspondance. Ces dernières années, les experts scientifiques ont donc investigué une autre méthode, basée sur le cheveu.

Tout ce que le cheveu révèle de vous

Le cheveu est dépourvu d’ADN dès lors que le follicule pileux n’y est pas rattaché. En revanche, il est constitué de kératine, une famille de protéines dont les séquences d’acides aminés dépendent du type de cheveu et sont spécifiques à chaque personne. En comparant ces séquences d’acides aminés avec des bases de données existantes, comme les bibliothèques génétiques, on peut en déduire le sexe, l’âge, l’origine, ou la masse corporelle d’un suspect. Cette technique d’identification souffre cependant d’un gros problème : pour extraire les acides aminés, il faut chauffer et broyer le cheveu plusieurs fois, ce qui dénature une grande partie des protéines. Du coup, il ne reste pas toujours suffisamment de matière pour détecter un nombre de variations permettant d’établir l’identification.

• Le saviez-vous ?
• Le cheveu est un indice particulièrement intéressant pour les enquêteurs. D’abord, il est très fréquent d’en trouver sur une scène de crime : chaque humain perd en moyenne 50 à 150 cheveux chaque jour. D’autre part, les protéines se conservent bien plus longtemps que l’ADN, qui se dégrade rapidement en présence de chaleur ou d’humidité. Enfin, l’analyse du cheveu permet de confirmer une preuve ADN lorsqu’on ne dispose pas de suffisamment de matière pour un test fiable.

Un nouveau « code peptidique » du cheveu

Une équipe de chercheurs affirme aujourd’hui avoir résolu ce problème, grâce à une méthode décrite dans le Journal of Forensic Sciences. Cette technique d’extraction consistant à chauffer les cheveux dans une solution détergente ne nécessite qu’une seule étape et supprime le broyage. On peut ainsi isoler une quantité suffisante de protéines à partir d’un morceau de cheveu d’un centimètre à peine, avec une sensibilité huit fois supérieure à celles des techniques utilisées habituellement.

Les séquences d’acides aminés de la kératine des cheveux sont spécifiques à chaque individu. © Kateryna_Kon, Adobe Stock

Les chercheurs ont également découvert de nouveaux éléments constitutifs des protéines, appelés « peptides à variantes génétiques » (GVP) et qui diffèrent selon les individus car elles sont construites en fonction du code génétique de chacun.

« Plus vous avez de GVP, plus vous pouvez distinguer les gens les uns des autres, explique au site Science Zheng Zhang, principal auteur de l’étude. C’est l’équivalent d’avoir des allèles supplémentaires dans un profil ADN ».

Ces marqueurs pourraient venir s’ajouter à ceux de la base de données peptidique du NIST (National Institute of Standards and Technology) et être utilisés dans les affaires criminelles.

 « Une recherche dans la base de données actuelle permet d’identifier seulement 11 % des peptides, alors qu’une recherche hybride incluant les GVP en trouve 75 % », assurent les auteurs.

Mais on est encore loin des prétoires : cette nouvelle méthode d’extraction prend du temps (plus d’une journée) et nécessite une technique et une expertise sophistiquées. On ignore aussi dans quelle mesure ces marqueurs capillaires peuvent changer selon l’âge ou être altérés par des modifications chimiques (coloration pour cheveux, par exemple).

CE QU’IL FAUT RETENIR

• Une nouvelle méthode permet d’identifier une personne à partir d’un centimètre de cheveu et avec une sensibilité huit fois supérieure à celle des techniques existantes.
  

• Les chercheurs ont notamment découvert de nouveaux peptides dans le cheveu très caractéristiques à chaque personne.
  

• Cette méthode pourrait être utilisée dans les enquêtes criminelles quand on ne dispose pas de suffisamment d’ADN ou pour renforcer des preuves existantes.

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Ce chiot mort en Sibé­rie il y a 18 000 ans a le pelage et la truffe parfai­te­ment conser­vés

Avoir ce chiot avec son poil, son museau, ses cils et moustache on est loin de se douter qu’il a 18 000 d’année à son actif. Il faudrait attendre encore pour savoir si c’est plus un loup ou un chien car même son ADN, ce n’est pas clair.

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Crédits : Sergey Fedo­rov

par  Malaurie Chokoualé Datou

Un chiot a été retrouvé durant l’été 2018 dans une partie gelée située près du fleuve Indi­guirka, au nord-est de la ville de Iakoutsk, en Sibé­rie centrale.

 Selon un article du Sibe­rian Times publié le 25 novembre, les scien­ti­fiques qui l’ont étudié ont pu déter­mi­ner que le corps de ce chiot de deux mois, au poil, à la truffe, aux cils et aux mous­taches si bien conser­vés, a été piégé dans le pergé­li­sol pendant 18 000 ans.

La cause de la mort de ce chiot mâle, baptisé Dogor, n’a pas encore été éluci­dée et le Centre suédois de paléo­gé­né­tique (CPG) s’est retrouvé face à un os après avoir débuté le séquençage du génome de l’ani­mal. En effet, les tests ADN effec­tués jusqu’à présent n’ont pas permis de déter­mi­ner s’il s’agit d’un chien ou d’un loup, alors que le Centre dispose de la plus grande banque d’ADN d’Eu­rope.

Crédits : Sergey Fedo­rov

Il pour­rait égale­ment s’agir d’un ancêtre du chien, à mi-chemin entre le loup et le chien.

« C’est intri­guant », s’ex­clame Sergey Fedo­rov de l’Ins­ti­tut d’éco­lo­gie appliquée du Nord, qui fait partie de l’uni­ver­sité fédé­rale du Nord-Est de Iakoutsk. « Nous sommes impa­tients d’ob­te­nir les résul­tats d’autres tests. »

Source : The Sibe­rian Times

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